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| Untersuchte Arbeit: Seite: 58, Zeilen: 1-5, 6-15 |
Quelle: Bente 2003 Seite(n): 16, 17, 18, Zeilen: 16: letzte Zeile, 17: 1 ff.; 18: 4 ff. |
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| [Tatsächlich liegt der durchschnittliche Multiplikationsfaktor (bezogen auf] die Gesamtreaktion) je Zyklus bei ca. 1,6 bis 1,7 (KAINZ 2000). Dies liegt daran, dass die Vermehrungsrate am Ende der PCR geringer ist, als in der Mitte der Zyklenanzahl (Abb.3). Zu Beginn und in der Mitte der Reaktion ist der Multiplikationsfaktor 2 und die Vermehrungsrate ist exponentiell. Gegen Ende geht die Reaktion in eine lineare und schließlich in eine Plateau-Phase über (Abbildung 3; nach KAINZ 2000 modifiziert).
Abbildung 3: Grafische Darstellung einer idealisierten PCR (nach KAINZ 2000 modifiziert). [...] Das Phänomen der Verringerung der Vermehrungsrate während einer PCR hat mehrere Ursachen. So wird zum einen die Aktivität der Polymerase durch die Bindung an neu synthetisierte Produkte (ab einer Konzentration von ca. 0,3-1 pmol; (MÜLHARDT 2002)) und anfallende Pyrophosphate reduziert. Es konnte diesbezüglich gezeigt werden, dass die Polymerase sequenzunspezifisch an diese neu synthetisierten Produkte bindet (KAINZ 2000). Wenn große Mengen an neu synthetisierten Produkt anfallen, ist die Wahrscheinlichkeit eines Reannealings des neu synthetisierten Produktes größer, als das Annealing zwischen DNAStrang und Primern. Dies wiederum senkt die Effektivität der PCR. Als zweites kommt es zur Zerstörung der Polymerase sowie der dNTPs durch wiederholt hohe Temperaturen während des Denaturierungsschritts. Auch werden im Verlauf der Reaktion dNTPs und Primer durch [Einbau in neusynthetisierte Produkte verbraucht. Diese Reduktion von Reaktionsprodukten führt ebenfalls zum Rückgang der Vermehrungsrate der PCR (KAINZ 2000).] KAINZ P. (2000) : The PCR plateau phase - towards an understanding of its limitations. Biochim. Biophys. Acta ,1494, 23-7 |
Tatsächlich liegt der durchschnittliche
[Seite 17] Multiplikationsfaktor (bezogen auf die Gesamtreaktion) je Zyklus bei ca. 1,6 bis 1,7 (KAINZ 2000). Dies liegt daran, dass die Vermehrungsrate am Ende der PCR geringer ist, als in der Mitte der Zyklenanzahl (Abb. 2.4). Zu Beginn und in der Mitte der Reaktion ist der Multiplikationsfaktor 2 und die Vermehrungsrate ist exponentiell. Gegen Ende geht die Reaktion in eine lineare und schließlich in eine Plateau-Phase über (Abb. 2.4; KAINZ 2000). [Seite 18]
Abbildung 2-4: [...] Das Phänomen der Verringerung der Vermehrungsrate während einer PCR hat mehrere Ursachen. So wird zum einen die Aktivität der Polymerase durch die Bindung an neu synthetisierte Produkte (ab einer Konzentration von ca. 0,3-1 pmol; MÜLHARDT 2002) und anfallende Pyrophosphate reduziert. Es konnte diesbezüglich gezeigt werden, dass die Polymerase sequenzunspezifisch an diese neu synthetisierten Produkte bindet (KAINZ 2000). Wenn große Mengen an neu synthetisierten Produkt anfallen, ist die Wahrscheinlichkeit eines Reannealings des neu synthetisierten Produktes größer, als das Annealing zwischen DNAStrang und Primern. Dies wiederum senkt die Effektivität der PCR. Als zweites kommt es zur Zerstörung der Polymerase sowie der dNTPs durch wiederholt hohe Temperaturen während des Denaturierungsschritts. Auch werden im Verlauf der Reaktion dNTPs und Primer durch Einbau in neusynthetisierte Produkte verbraucht. Diese Reduktion von Reaktionsprodukten führt ebenfalls zum Rückgang der Vermehrungsrate der PCR (KAINZ 2000). KAINZ P. (2000): The PCR plateau phase - towards an understanding of its limitations. Biochim Biophys Acta, 1494, 23-7. |
Kein Hinweis auf die Quelle. Interessanterweise enthält die Publikation Kainz (2000) keine Abbildung, die der Abbildung 3 bei Ad (oder auch der Abbildung 2-4 bei Bente (2003)) in irgendeiner Weise ähnlich ist. |
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