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Quelle:Jis/Groß 1999

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Angaben zur Quelle [Bearbeiten]

Autor     Claudia Groß
Titel    Funktionelle Analyse des cdc25C-Promoters
Jahr    1999
Anmerkung    Dissertation, angenommen vom Fachbereich Humanmedizin der Philipps-Universität Marburg am 20.09.1999

Literaturverz.   

nein
Fußnoten    nein
Fragmente    12


Fragmente der Quelle:
[1.] Jis/Fragment 043 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-12-23 09:17:43 Kybot
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 43, Zeilen: 1-16
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0 (Internetdokument ohne Seitenzahlen), Zeilen: 0
Mutationen wurden über PCR-vermittelte Mutagenese eingeführt (Klug et al., 1991; Good & Nazar, 1992). Für jede Mutante wurden jeweils vier Oligonukleotide benötigt. Zwei Oligonukleotide bestimmten das 5´- (A) und das 3´- Ende (B) des mutierten Fragments, und durch zwei überlappende Oligonukleotide (Am, Bm) wurde die jeweilige Veränderung der DNA-Sequenz eingeführt (Abb. 3-4). Das 5´-Oligonukleotid führte eine EcoR V- Schnittstelle, das 3´- Oligonukleotid eine BamH I - Schnittstelle in das PCR-amplifizierte Fragment ein. Für die erste PCR wurden die Oligonukleotide A, B, Am, und Bm so gewählt, daß der hybridisierende 3´-Bereich eine Tm (Schmelztemperatur) von ca. 60°C aufwies. Gleichzeitig wurden die Oligonukleotide Am und Bm so gewählt, daß die entstehende Überlappung in der zweiten PCR ebenfalls eine Tm von ca. 60°C aufwies. Die Produkte der ersten PCR wurden durch Agarose-Gelelektrophorese gereinigt, das Produkt der zweiten PCR über eine QIAquick Spin Column (Qiagen, Hilden). Alle PCRs wurden in einem PTC-200 DNA Engine thermal cycler (Biozym Diagnostik, Hess. Oldendorf) mit PfuTurbo™ Polymerase für 30 Zyklen, 30 sec bei 94°C, 40 sec bei 58°C und 30 sec [bei 72°C und zum Ende 7 min bei 72°C durchgeführt. Die so generierten DNA-Fragmente wurden dann zur Klonierung der Reporter-Konstrukte eingesetzt.]

[Aus Literaturverzeichnis:]

Klug J, Wolf M, Beato M. 1991. Creating chimeric molecules by PCR directed homologous DNA recombination. Nucleic Acids Res 19:2793.

Good L, Nazar RN. 1992. An improved thermal cycle for two-step PCR-based targeted mutagenesis. Nucleic Acids Res 20:4934.

Deletionen, Insertionen bzw. Mutationen wurden über PCR-vermittelte Mutagenese eingeführt (Good and Nazar, 1992). Für jede Mutante wurden jeweils vier Oligonukleotide benötigt. Zwei Oligonukleotide bestimmten das 5´- (A) und das 3´-Ende (B) des mutierten Fragments, und durch zwei überlappende Oligonukleotide (a, b) wurde die jeweilige Veränderung der DNS-Sequenz eingeführt (Abb.7). Das 5´-Oligonukleotid führte eine BamH I-Schnittstelle, das 3´-Oligonukleotid eine Hind III-Schnittstelle in das PCR-amplifizierte Fragment ein. Die insertierten bzw. mutierten DNS-Sequenzen wurden, wenn möglich, so gewählt, daß dadurch eine neue Restriktionsenzym-Erkenungsstelle entstand. Für die erste PCR wurden die Oligonukleotide A, B, a, und b so gewählt, daß der hybridisierende 3´-Bereich eine Tm (Schmelztemperatur) von 60°C aufwies. Gleichzeitig wurden die Oligonukleotide a und b so gewählt, daß die entstehende Überlappung in der zweiten PCR ebenfalls eine Tm von 60°C aufwies. Die Amplifikation wurde meist mit 25 Zyklen durchgeführt. Die Produkte der ersten PCR wurden durch Agarose-Gelelektrophorese gereinigt (3.66 u. 3.6.7), das Produkt der zweiten PCR über eine QIAquick Spin Column (Fa. Qiagen,Hilden). Die PCRs wurden in einem Peltier Thermal Cycler (Fa. Biozym Diagnostik, Hess. Oldendorf) durchgeführt. Die so generierten DNS-Fragmente wurden dann zur Klonierung der Reporter-Konstrukte eingesetzt.

[Aus Literaturverzeichnis:]

Good, L. and Nazar, R. (1992). An improved thermal cycle for two step PCR-based targeted mutagenesis. Nucl. Acids Res. 20, 4934.

Anmerkungen

Gemeinsamkeiten in den Formulierungen ohne Hinweis auf die Quelle, jedoch "Kochrezeptcharakter".

Vorangehend findet sich in beiden Schriften eine ähnliche, jedoch nicht identische Abbildung zur PCR-vermittelten Mutagenese. Auf die Literaturreferenz "Klug et al., 1991" wird in der mutmaßlichen Vorlage nicht verwiesen.

Sichter

[2.] Jis/Fragment 046 07 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-12-23 09:17:45 Kybot
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 46, Zeilen: 7-26
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0 (Internetquelle ohne Seitenangaben), Zeilen: 0
3.12.12.2 Bestimmung der Luciferase-Aktivität

Zur Messung der Luciferase-Aktivität wurden die Zellen dreimal mit 1×PBS gewaschen und durch Zugabe von 350μl Lysispuffer lysiert. Das Lysat wurde in 1,5ml-Reaktionsgefäße (Eppendorf, Hamburg), die auf Eis gestellt wurden, überführt (nach diesem Schritt ist eine Lagerung über Nacht bei -80°C möglich) und anschließend 5min bei 13.000UpM und 4°C abzentrifugiert. Für jede Luciferinreaktion wurden 100μl des Überstandes zu 360μl Luziferase-Reaktionspuffer in Polystyrolröhrchen (Greiner, Nürtingen) pipettiert. Die Messung erfolgte im Luminometer Typ AutoLumat LB 953 (Berthold, Wildbad), in dem automatisch vor jeder Messung 100μl Luziferinlösung zur Probe injiziert wurden. Dabei wurde das Integral der Lumineszenz über ein Intervall von 10ms gemessen.

Lysispuffer: 25mM Glyzylglyzin (Sigma, Deisenhofen) pH 7.8 (mit 4M KOH eingestellt), bei –20°C / 4°C lagern, 1% (v/v) Triton X-100, 15mM MgSO4, 4mM EGTA, pH 8.0, bei 4°C lagern, 1mM DTT (kurz vor Gebrauch zugeben)

Luciferase-Reaktionspuffer: 25mM Glyzylglyzin, pH 7.8, 15mM K2HPO4 / KH2PO4, pH7.8, 15mM MgSO4, 4mM EGTA, pH8.0, 2mM ATP, bei 4°C lagern, 1mM DTT (kurz vor Gebrauch zugeben)

Luziferin-Meßlösung: 0.2mM D-Luciferin (kristallin, Sigma, Deisenhofen), Stocklösung: 1mM D-Luziferin, 25mM Glyzylglyzin, 10mM DTT, bei –80°C lagern, 25mM Glyzylglyzin, pH7.8, 1mM DTT, sofort verwenden und vor Licht schützen.

3.4.6.2 Luziferase Assay

Zur Messung der Luziferase-Aktivität wurden die Zellen einmal mit 1XPBS gewaschen und durch Zugabe von 250µl/3cm-Zellkulturschale (Fa. Nunc, Wiesbaden) Lysispuffer lysiert. Das Lysat wurde in 1,5ml- Reaktionsgefäße (Fa. Eppendorf, Hamburg), die auf Eis gestellt wurden, überführt (nach diesem Schritt ist eine Lagerung über Nacht bei -80°C möglich) und anschließend 5min bei 13.000UpM und 4°C abzentrifugiert. Für jede Luziferinreaktion wurden 100µl des Überstandes zu 360µl Luziferase-Reaktionspuffer in Polystyrolröhrchen (Fa. Greiner, Nürtlingen) pipettiert. Die Messung erfolgte im Luminometer Typ AutoLumat LB 953 (Fa. Berthold, Wildbad), in dem automatisch vor jeder Messung 100µl Luziferinlösung zur Probe injiziert wurden. Dabei wurde das Integral der Lumineszenz über ein Intervall von 10ms gemessen.


Lysispuffer: 25mM Glyzylglyzin (Fa. Sigma, Deisenhofen)

pH 7,8 (mit 4M KOH eingestellt), bei –20°C/4°C lagern

1% (v/v) Triton X-100

15mM MgSO4

4mM EGTA, pH 8,0,bei 4°C lagern

1mM DTT (kurz vor Gebrauch zugeben)


Luziferase-Reaktionspuffer: 25mM Glyzylglyzin, pH 7,8

15mM K2HPO4/KH2PO4, pH 7,8

15mM MgSO4

4mM EGTA, pH 8,0

2mM ATP,

bei 4°C lagern

1mM DTT (kurz vor Gebrauch zugeben)


Luziferin-Meßlösung: 0,2mM D-Luziferin (kristallin, Fa. Sigma, Deisenhofen), Stocklösung: 1mM D-Luziferin, 25mM Glyzylglyzin, 10mM DTT,

bei –80°C lagern

25mM Glyzylglyzin, pH 7,8

1mM DTT

sofort verwenden und vor Licht schützen

Anmerkungen

Gemeinsame Formulierungen ohne Hinweis auf die (mutmaßliche) Quelle, jedoch "Kochrezeptcharakter".

Sichter

[3.] Jis/Fragment 076 20 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-08-02 13:29:15 Schumann
Fragment, Groß 1999, Jis, SMWFragment, Schutzlevel, Verschleierung, ZuSichten

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 76, Zeilen: 20-26, 28-31
Quelle: Groß 1999
Seite(n): -, Zeilen: -
4.4.2.2.1 Die Bindung von NF-Y an die reverse CCAAT-Box im NEP-Promotor

NF-Y steht für „Nuclear Factor-Y“, wobei das Y die sog. Y-Box bezeichnet, das Bindemotiv für diesen Transkriptionsfaktor im MHC-Klasse II-Promoter (Benoist & Mathis, 1990). Um die Hypothese, daß NF-Y an die reverse CCAAT-Box des NEP-Type II Promoters bindet, zu testen, wurden Gelretardationsanalysen mit Oligonukleotiden, die die Motive von NEP-Typ II Promoters bzw. eine bona fide NF-Y-Bindestelle aus dem MHC-Klasse II-Promotor, Ea-Y (Dorn et al., 1987) enthielten, durchgeführt. [Die Lage der verschiedenen Oligonukleotide sind in Abb. 4-15 eingezeichnet.] Abb. 4-16 zeigt, daß mit allen Zellkernextrakten ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an die reverse CCAAT-Box aufgehoben werden. Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukleotid mit beliebiger Sequenz und ein [Oligonukleotid mit mutierter NEP NF-Y Sequenz , als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die reverse CCAAT-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde.]


[Aus Literaturverzeichnis:]

Benoist C, Mathis D. 1990. Regulation of major histocompatibility complex class-II genes: X, Y and other letters of the alphabet. Annu Rev Immunol 8:681-715.

Dorn A, Bollekens J, Staub A, Benoist C, Mathis D. 1987. A multiplicity of CCAAT box-binding proteins. Cell 50:863-872.

NF-Y steht für „Nuclear Factor-Y“, wobei das Y die sog. Y-Box bezeichnet, das Bindemotiv für diesen Transkriptionsfaktor im MHC-Klasse II-Promoter (Benoist and Mathis, 1990). Um die Hypothese, daß NF-Y an die drei Yc-Boxen der UAS des cdc25C-Promoters bindet, zu testen, wurden Gelretardationsanalysen mit Oligonukleotiden, die die Motive von Yc 1, Yc 2, Yc 3 bzw. eine bona fide NF-Y-Bindestelle aus dem MHC-Klasse II-Promoter, Ea-Y, (Dorn et al., 1987 II.) enthielten, durchgeführt.

[...]

Abb. 19 zeigt, daß mit allen vier Oligonukleotiden ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an allen drei Yc-Boxen aufgehoben werden. Ebenso konnte die Proteinbindung sowohl an Yc 1 als auch an Yc 3 durch Verwendung von Yc 2 als Kompetitor inhibiert werden.

[...]

Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.


[Aus Literaturverzeichnis:]

Benoist, C. and Mathis, D. (1990). Regulation of major histocompatibility complex class-II genes: X, Y and other letters of the alphabet. Annu. Rev. Immunol. 8, 681-715.

Dorn, A., Bollekens, J., Staub, A. Benoist, C., and Mathis, D. (1987). A multiplicity of CCAAT box-binding proteins. Cell 50, 863-872.

Dorn, A., Durand, B., Marfing, C., Le Meur, M., Benoist, C., Mathis, D. (1987). Conserved major histocompatibility complex class II boxes-X and Y- are transcriptional control elements and specifically bind nuclear proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6249-6253.

Anmerkungen

Fortsetzung der Textübereinstimmungen/Anlehnungen auf der Folgeseite, siehe Fragment 077 01.

Einige Formulierungen wiederholen sich teilweise an verschiedenen Stellen, vgl. auch

Die Angabe "Dorn et al., 1987" ist in der mutmaßlichen Vorlage ambivalent, da dort zwei Quellen des Litaraturverzeichnisses hierfür in Frage kommen (Quellen und Korrektheit der ausgewählten Quelle bislang nicht überprüft).

Sichter

[4.] Jis/Fragment 077 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 13:58:22 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, SMWFragment, Schutzlevel, Verschleierung, ZuSichten

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 77, Zeilen: 1-3
Quelle: Groß 1999
Seite(n): -, Zeilen: -
[Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukleotid mit beliebiger Sequenz und ein] Oligonukleotid mit mutierter NEP NF-Y Sequenz , als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die reverse CCAAT-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde. Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.
Anmerkungen

Von der vorseite fortgesetzte Textübereinstimmungen/Anlehnungen.

Die Formulierungen wiederholen sich teils mehrfach: vgl. Fragment 076 20, Fragment 077 06, Fragment 079 17, Fragment 080 01, Fragment 090 27, Fragment 091 01, Fragment 091 20.

Sichter

[5.] Jis/Fragment 077 06 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 14:12:58 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, SMWFragment, Schutzlevel, Verschleierung, ZuSichten

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 77, Zeilen: 6-17
Quelle: Groß 1999
Seite(n): -, Zeilen: -
Im Gegensatz hierzu zeigte der Gelretardationsassay, bei dem eine bona fide NF-1-Bindungsstelle (Meisterernst et al., 1988) als Kompetitor verwendet worden war, keinen Einfluß auf die Bindung an die reverse CCAAT-Box hat. Um zu zeigen daß es sich bei dem mit den reversen CCAAT-Boxen interagierenden Protein tatsächlich um NF-Y handelt, wurde ein „Supershift“ mit einem polyklonalen Antikörper, der spezifisch eine Untereinheit des NF-Y (CBF-A) erkennt, durchgeführt. Spur 12 zeigt, daß bei den reversen CCAAT-Boxen der Proteinkomplex durch die Antikörper-Bindung eine geringere Mobilität erhielt, und es somit zu einer Verschiebung der Proteinbande („Supershift“) im Gelretardationsassay kam. Präimmunserum als Kontrolle hingegen führte zu keiner Veränderung der Mobilität (Spur 13). Dieser Gelretardationsassay zeigt, daß NF-Y oder ein zumindest sehr nah verwandtes Protein das mit den reversen CCAAT-Boxen interagierende Protein ist. Im Gegensatz hierzu zeigte der Gelretardationsassay, bei dem eine bona fide NF-1-Bindestelle (Santoro et al., 1988) verwendet worden war, im Vergleich zu Yc 2 einen Komplex völlig anderer Mobilität (Abb. 21). Wie in Abb. 22A und Abb. 22B gezeigt, hatte die NF-1-Bindestelle, wenn sie als Kompetitor eingesetzt wurde, auch keinen Einfluß auf die Bindung an Yc 2 bzw. Ea-Y.

[...]

Um zu zeigen daß es sich bei dem mit den Yc-Boxen interagierenden Protein tatsächlich um NF-Y handelt, wurde ein „Supershift“ mit einem polyklonalen Antikörper (Mantovani et al., 1992), der spezifisch die B-Untereinheit des NF-Y erkennt, durchgeführt. Abb. 24A und 24B zeigen, daß sowohl bei den drei Yc-Boxen als auch bei Ea-Y der Proteinkomplex durch die Antikörper-Bindung eine geringere Mobilität erhielt, und es somit zu einer Verschiebung der Proteinbande („Supershift“) im Gelretardationsassay kam. Ein unspezifischer Antikörper (Kontrolle) hingegen führte zu keiner Veränderung der Mobilität. Die gleiche Beobachtung konnte bei Verwendung eines monoklonalen Antikörpers (Mantovani et al., 1992), der gegen die A-Untereinheit von NF-Y gerichtet war, gemacht werden. Abb. 24B zeigt die Verschiebung der Proteinkomplexe an den drei Yc-Boxen und an Ea-Y unter Verwendung des monoklonalen Antikörpers. Diese beiden Beobachtungen zeigen, daß NF-Y oder ein zumindest sehr nah verwandtes Protein das mit Yc 1, Yc 2 und Yc 3 interagierende Protein ist.

Anmerkungen

Fortsetzung der Textübereinstimmungen/Anlehnungen auf der Folgeseite.

Teils wiederholende Wortwahl: Vgl. Fragment 091 01.

Sichter

[6.] Jis/Fragment 078 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 13:19:36 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 78, Zeilen: 1-10
Quelle: Groß 1999
Seite(n): -, Zeilen: -
Abb. 4-16: „Bandshift“ und „Supershift“ mit Zellkernextrakten aus HeLa und LNCaP Zellen, die mit oder ohne DHT kultiviert wurden, und mit den Oligonukleotid, die die Motive von NEP Typ II Promotor NF-Y Box enthalten, in Abwesenheit oder Gegenwart eines polyklonalen Antikörpers (CBF-A), der gegen die NF-Y gerichtet ist. Die Gelretardationsanalyse wurde in Abwesenheit oder Gegenwart eines Kompetitors (ca. 40-facher Überschuß gegenüber der Probe) durchgeführt. Als Kompetitor wurden die Bindesequenzen von NEP-Promotor-NF-Y Box und mutierter NEP-NF-Y Box bzw. der bona finden NF-Y-Bindestelle (Ea-Y) verwendet. Spuren 1-5: ohne Kompetitor; Spur 6: Selbstkompetition; Spur 7: Kompetitor mit beliebiger Sequenz. Abb. 85: „Supershift“ mit Oligonukleotiden, die die Motive von cdc25C oder CyclinA Yc 1 bzw. eine bona fide NF-Y-Bindestelle aus dem MHC-Klasse II-Promoter, Ea-Y, (Dorn et al., 1987 II) enthalten, in Abwesenheit oder Gegenwart eines polyklonalen Antikörpers (a-NF-YB) der gegen die NF-YB-Untereinheit gerichtet ist. Die Gelretardationsanalyse wurde in Abwesenheit oder Gegenwart eines Kompetitors (ca. 100-facher Überschuß gegenüber der Probe) durchgeführt. Als Kompetitor wurden die Bindesequenzen von CyclinA Yc1 bzw. der bona finden NF-Y-Bindestelle (Ea-Y) verwendet. s: Selbstkompetition; b: Kompetitor mit beliebiger Sequenz.
Anmerkungen

Ähnlicher Text aber andere Abbildung auf der Seite.

Vgl. die ähnliche Wortwahl in Fragment 081 01.

Sichter

[7.] Jis/Fragment 079 17 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 14:27:34 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 79, Zeilen: 17-19
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
Abb. 4-18 zeigt, daß mit allen Zellkernextrakten ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von kanonischer GC-Box (Suske, 1999) als Kompetitor an die Sp-Bindungsstelle (GC-Box) [aufgehoben werden.]


[Auszug aus Literaturverzeichnis:]

Suske G. 1999. The Sp-family of transcription factors. Gene 238:291-300.

Abb. 19 zeigt, daß mit allen vier Oligonukleotiden ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an allen drei Yc-Boxen aufgehoben werden.
Anmerkungen

Ungeachtet der inhaltlichen Unterschiede ähneln sich die Beschreibungen formal stark. Eine ähnliche Wortwahl ist ebenfalls Fragment 076 20 sowie Fragment 090 27 und Jis/Fragment 091 20 zu entnehmen.

Im direkten Anschluss sind auch auf der Folgeseite Formulierungsähnlichkeiten zur o.g. mutmaßlichen Quelle zu beobachten.

Sichter

[8.] Jis/Fragment 080 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 14:16:15 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 80, Zeilen: 1-5
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
[Abb. 4-18 zeigt, daß mit allen Zellkernextrakten ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von kanonischer GC-Box (Suske, 1999) als Kompetitor an die Sp-Bindungsstelle (GC-Box)] aufgehoben werden. Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukleotid mit beliebiger Sequenz und ein Oligonukleotid mit mutierter NEP Sp-Bindungsstelle, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die GC-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde.

[Auszug aus Literaturverzeichnis:]

Suske G. 1999. The Sp-family of transcription factors. Gene 238:291-300.

Abb. 19 zeigt, daß mit allen vier Oligonukleotiden ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an allen drei Yc-Boxen aufgehoben werden.

[...]

Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.

Anmerkungen

Die Formulierungsähnlichkeiten setzen sich von der Vorseite fort.

Der Text findet sich in ähnlicher Weise mehrfach in der Dissertation (zumindest einen Teil des Textes bzw. der Formulierungen betreffend). So auf S.76/S.77: Siehe Fragment 076 20, Fragment 077 01. Auch zu Beginn der Seite 91 bzw. fortgesetzt von der S. 90 finden sich ähnliche Beschreibungen: Siehe Fragment 091 01 und Fragment 090 27. Nochmals auf S. 91 weiter unten: Siehe Fragment 091 20 .

Sichter

[9.] Jis/Fragment 081 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 13:03:55 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 81, Zeilen: 1-10
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
Abb. 4-18: „Bandshift“ und „Supershift“ mit Zellkernextrakten aus HeLa- und LNCaP-Zellen, die mit oder ohne DHT kultiviert wurden, und mit den Oligonukleotiden, die die Motive der NEP Typ II Promotor GC Box enthalten, in Abwesenheit oder Gegenwart von polyklonalen Antikörpern (Anti-Sp1/-Sp3), die gegen den Sp1/Sp3 gerichtet sind. Die Gelretardationsanalyse wurde in Abwesenheit oder Gegenwart eines Kompetitors (ca. 40-facher Überschuß gegenüber der Probe) durchgeführt. Als Kompetitor wurden die Bindesequenzen der NEP Promotor - GC Box und mutierter NEP Promotor GC Box bzw. kanonischer GC-Box verwendet. Spuren 1-5: ohne Kompetitor; Spur 6: Selbstkompetition; Spur 7: Kompetitor mit beliebiger Sequenz. Abb. 85: „Supershift“ mit Oligonukleotiden, die die Motive von cdc25C oder CyclinA Yc 1 bzw. eine bona fide NF-Y-Bindestelle aus dem MHC-Klasse II-Promoter, Ea-Y, (Dorn et al., 1987 II) enthalten, in Abwesenheit oder Gegenwart eines polyklonalen Antikörpers (a-NF-YB) der gegen die NF-YB-Untereinheit gerichtet ist. Die Gelretardationsanalyse wurde in Abwesenheit oder Gegenwart eines Kompetitors (ca. 100-facher Überschuß gegenüber der Probe) durchgeführt. Als Kompetitor wurden die Bindesequenzen von CyclinA Yc1 bzw. der bona finden NF-Y-Bindestelle (Ea-Y) verwendet. s: Selbstkompetition; b: Kompetitor mit beliebiger Sequenz.
Anmerkungen

Teils ähnliche Formulierungen/sprachliche Anlehnungen, jedoch abweichender Inhalt.

Vgl. die Wortwahl in Jis/Fragment 078 01.

Sichter

[10.] Jis/Fragment 090 27 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 13:55:15 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, SMWFragment, Schutzlevel, Verschleierung, ZuSichten

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 90, Zeilen: 27-31
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
Die Gelretardations-Experimente zeigten, daß mit allen Zellkernextrakten ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y (Dorn et al., 1987) als Kompetitor an die reverse CCAAT-Box aufgehoben werden. Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz und ein Oligonukletid mit mutierter NEP NF-Y [Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die reverse CCAAT-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde.]

[Auszug aus Literaturverzeichnis:]

Dorn A, Bollekens J, Staub A, Benoist C, Mathis D. 1987. A multiplicity of CCAAT box-binding proteins. Cell 50:863-872.

Abb. 19 zeigt, daß mit allen vier Oligonukleotiden ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an allen drei Yc-Boxen aufgehoben werden. Ebenso konnte die Proteinbindung sowohl an Yc 1 als auch an Yc 3 durch Verwendung von Yc 2 als Kompetitor inhibiert werden.

Abb. 20: Gelretardationsanalyse mit Oligonukleotiden, die die Motive von Yc 1, Yc 2 ,Yc 3 bzw. eine bona fide NF-Y-Bindestelle aus dem MHC-Klasse II-Promoter, Ea-Y, (Dorn et al., 1987 II) enthalten, in Abwesenheit oder Gegenwart eines Kompetitors (ca. 100-facher Überschuß gegenüber der Probe). s: Selbstkompetition; b: Kompetitor mit beliebiger Sequenz; -: ohne Kompetitor.

Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.


[Auszug aus Literaturverzeichnis:]

Dorn, A., Bollekens, J., Staub, A. Benoist, C., and Mathis, D. (1987). A multiplicity of CCAAT box-binding proteins. Cell 50, 863-872.

Dorn, A., Durand, B., Marfing, C., Le Meur, M., Benoist, C., Mathis, D. (1987). Conserved major histocompatibility complex class II boxes-X and Y- are transcriptional control elements and specifically bind nuclear proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6249-6253.

Anmerkungen

Die "Resultatbeschreibung" des Verfassers ähnelt deutlich den Beschreibungen in der o.g. (früher datierten) Quelle. Fortsetzung auf der Folgeseite: Siehe Fragment 091 01 (Die Textfragmente stehen im Zusammenhang).

Die Angabe "Dorn et al., 1987" ist in der mutmaßlichen Vorlage allerdings ambivalent, da dort zwei Quellen des Litaraturverzeichnisses hierfür in Frage kommen (Quellen und Korrektheit der ausgewählten Quelle bislang nicht überprüft).

Die Formulierungen wiederholen sich teilweise: Vgl. Fragment 076 20, Fragment 077 06, Fragment 079 17, Fragment 080 01, Fragment 091 01, Fragment 091 20.

Sichter

[11.] Jis/Fragment 091 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 14:28:45 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, SMWFragment, Schutzlevel, Verschleierung, ZuSichten

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 91, Zeilen: 1-10
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
[Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz und ein Oligonukletid mit mutierter NEP NF-Y] Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die reverse CCAAT-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde.

Um zu zeigen daß es sich bei dem mit den reversen CCAAT-Boxen interagierenden Protein tatsächlich um NF-Y handelt, wurde ein „Supershift“ mit einem polyklonalen Antikörper, der spezifisch eine Untereinheit des NF-Y (CBF-A) erkennt, durchgeführt. Spur 12 zeigt, daß bei den reversen CCAAT-Boxen der Proteinkomplex durch die Antikörper-Bindung eine geringere Mobilität erhielt, und es somit zu einer Verschiebung der Proteinbande („Supershift“) im Gelretardationsassay kam. Dieser Gelretardationsassay zeigt, daß NF-Y oder ein zumindest sehr nah verwandtes Protein das mit den reversen CCAAT-Boxen interagierende Protein ist.

Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.

[...]

Um zu zeigen daß es sich bei dem mit den Yc-Boxen interagierenden Protein tatsächlich um NF-Y handelt, wurde ein „Supershift“ mit einem polyklonalen Antikörper (Mantovani et al., 1992), der spezifisch die B-Untereinheit des NF-Y erkennt, durchgeführt. Abb. 24A und 24B zeigen, daß sowohl bei den drei Yc-Boxen als auch bei Ea-Y der Proteinkomplex durch die Antikörper-Bindung eine geringere Mobilität erhielt, und es somit zu einer Verschiebung der Proteinbande („Supershift“) im Gelretardationsassay kam. Ein unspezifischer Antikörper (Kontrolle) hingegen führte zu keiner Veränderung der Mobilität. Die gleiche Beobachtung konnte bei Verwendung eines monoklonalen Antikörpers (Mantovani et al., 1992), der gegen die A-Untereinheit von NF-Y gerichtet war, gemacht werden. Abb. 24B zeigt die Verschiebung der Proteinkomplexe an den drei Yc-Boxen und an Ea-Y unter Verwendung des monoklonalen Antikörpers. Diese beiden Beobachtungen zeigen, daß NF-Y oder ein zumindest sehr nah verwandtes Protein das mit Yc 1, Yc 2 und Yc 3 interagierende Protein ist.

Anmerkungen

Methodik, Formulierungen und Schlussfolgerungen gleichen sich. Die Parallelen setzten sich von der Vorseite fort: Siehe Fragment 090 27.

Vgl. die ähnliche Wortwahl in anderen Fragmenten, z.B. Fragment 077 06.

In beiden o.g. Texten findet die alte Rechtschreibung Anwendung ("daß" statt "dass").

Sichter

[12.] Jis/Fragment 091 20 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2015-03-29 14:09:22 Plagin Hood
Fragment, Groß 1999, Jis, KeineWertung, SMWFragment, Schutzlevel, ZuSichten

Typus
KeineWertung
Bearbeiter
Hood
Gesichtet
No.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 91, Zeilen: 20-29
Quelle: Groß 1999
Seite(n): 0, Zeilen: 0
Das Ergebnis zeigt, daß mit allen Zellkernextrakten, die aus HeLa-Zellen und LNCaP-Zellen (mit / ohne DHT und mit Bombesin) hergestellt wurden, ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von kanonischer GC-Box (Suske, 1999) als Kompetitor an die Sp-Bindungsstelle (GC-Box) aufgehoben werden. Es handelte sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukleotid mit beliebiger Sequenz und ein Oligonukleotid mit mutierter NEP Sp-Bindungsstelle, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an die GC-Box hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert wurde. Abb. 19 zeigt, daß mit allen vier Oligonukleotiden ein Komplex gleicher Mobilität detektiert werden konnte. Die Proteinbindung konnte durch Einsatz von Ea-Y als Kompetitor an allen drei Yc-Boxen aufgehoben werden. Ebenso konnte die Proteinbindung sowohl an Yc 1 als auch an Yc 3 durch Verwendung von Yc 2 als Kompetitor inhibiert werden.

[...]

Wie in Abb. 20 gezeigt, handelte es sich jeweils um spezifische Bindungen, da ein Oligonukletid mit beliebiger Sequenz, als Kompetitor eingesetzt, keine Auswirkung auf die Komplexbildung an Yc 1, Yc 2 , Yc 3 bzw. Ea-Y hatte, aber diese durch Selbstkompetition verhindert bzw. stark reduziert wurde.

Anmerkungen

Der Text findet sich in ähnlicher Weise mehrfach in der Dissertation (zumindest einen Teil des Textes bzw. der Formulierungen betreffend):

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