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Quelle:Lh/Yurtcu 2008

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Angaben zur Quelle [Bearbeiten]

Autor     Nurhayat Yurtcu
Titel    Faktor XII Genotyp-Phänotyp bei Kindern mit venösen Thrombosen im Vergleich zu einem gesunden Kontrollkollektiv
Ort    Münster
Jahr    2008
Anmerkung    Inaugural - Dissertation zur Erlangung des doctor medicinae der Medizinischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster
URL    http://miami1.uni-muenster.de/servlets/DocumentServlet?id=4173

Literaturverz.   

nein
Fußnoten    nein
Fragmente    12


Fragmente der Quelle:
[1.] Lh/Fragment 039 14 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 23:25:29 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 39, Zeilen: 14-24, 27-33
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 38, Zeilen: 7-21
2.3 Blutentnahmeprotokoll

Die Blutentnahmen für die Genotyp – Phänotypstudie fanden nach elterlichem Einverständnis und ausführlicher Information der Eltern über die Ziele der Studie statt. Die Blutproben wurden im Rahmen der diagnostischen Familienuntersuchung gewonnen, so dass keine zusätzlichen Punktionen erforderlich waren.

Die Blutproben wurden bei Indexpatienten bei akutem Auftreten des thrombotischen Ereignisses und in einem Zeitraum von 3-6 Monaten nach dem akuten Ereignis durch peripher venöse Punktion gewonnen und in Sarstedt® Monovetten (Sarstedt®, Nümbrecht, Deutschland) à 3 und 5 ml mit Citrat 3,8% und Blut im Verhältnis 1:10 asserviert. Familienangehörige wurden zu einem der o.g. Zeitpunkte im „gesunden“ Zustand (ohne Entzündungszeichen) abgenommen.

Die Blutentnahmen wurden morgens nüchtern unter möglichst geringem venösem Stau durchgeführt. Direkt nach der Entnahme wurden die Monovetten in Eiswasser gelegt und bei 4°C und 3000g für 20 Minuten zentrifugiert. Das plättchenarme Plasma wurde in polystyrene Röhrchen (NUNC Life Technologies GmbH, Karlsruhe) pipettiert und bei -80 °C (193,15 K) eingefroren. Peripher venöse Blutentnahmen erfolgten morgens zwischen 8 und 10 Uhr.

2.2.1. Blutentnahme

Die Blutentnahmen fanden nach elterlichem Einverständnis und ausführlicher Information der Eltern über die Ziele der Studie statt. Die Blutproben konnten im Allgemeinen bei routinediagnostischen Untersuchungen gewonnen werden, so dass keine zusätzlichen Punktionen erforderlich waren.

Die Blutproben wurden bei akutem Auftreten des thrombotischen Ereignisses und in einem Zeitraum von 3-6 Monaten nach dem akuten Ereignis durch peripher venöse Punktion gewonnen und in Sarsted® Monovetten (Sarsted, Nümbrecht, Deutschland) à 3 und 5 ml mit Citrat 3,8% und Blut im Verhältnis 1:10 asserviert. Die Blutentnahmen wurden morgens nüchtern unter möglichst geringem venösem Stau durchgeführt. Direkt nach der Entnahme wurden die Monovetten in Eiswasser gelegt und bei 4°C und 3000g für 20 Minuten zentrifugiert. Das plättchenarme Plasma wurde in polystyrene Röhrchen (NUNC Life Technologies GmbH, Karlsruhe) pipettiert und bei -80 °C (193,15 K) eingefroren. Peripher venöse Blutentnahmen erfolgten morgens zwischen 8 und 10 Uhr.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[2.] Lh/Fragment 044 23 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:42:28 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 44, Zeilen: 23-29
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 39, Zeilen: 9-14
2.5.1 Blutentnahme für genetische Analysen

Für die genetischen Untersuchungen wurde venöses Blut in EDTA-Röhrchen (Ethylendiamintetraessigsäure) der Firma Sarstedt® aus Nümbrecht, Deutschland, gefüllt und zur Zellseparation bei 3000g für 15 Minuten bei Raumtemperatur zentrifugiert. Die dabei entstehende mittlere leukozytenreiche Schicht (buffy coat) wurde bei -70°C zur DNA-Extraktion aufbewahrt.

2.3.1. Blutentnahme für genetische Analysen

Für die genetischen Untersuchungen wurde venöses Blut in EDTA-Röhrchen (Ethylendiamintetraessigsäure) der Firma Sarsted® aus Nümbrecht, Deutschland, gefüllt und zur Zellseparation bei 3000g für 15 Minuten bei Raumtemperatur zentrifugiert. Die dabei entstehende mittlere leukozytenreiche Schicht (buffy caot [sic]) wurde bei -70°C zur DNA-Extraktion aufbewahrt.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[3.] Lh/Fragment 046 13 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-22 19:36:01 Hindemith
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 46, Zeilen: 13-32
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 40, Zeilen: 15-35
2.5.3 Polymerase-Kettenreaktion (PCR)

Die Grundlage nahezu jeder molekularbiologischen Diagnostik ist die Polymerase- Kettenreaktion (polymerase chain reaction, PCR). Die Polymerasekettenreaktion ist eine Methode, mit deren Hilfe man selektiv Abschnitte der DNA in vitro vermehren kann. Dabei werden synthetische Oligonukleotide als Primer verwendet. Primer bestehen aus 15-30 Nukleotiden, die komplementär zu einer DNA-Sequenz sind, welche den zu synthetisierenden DNA-Abschnitt einschließt. Durch Temperaturerhöhung auf 94°C werden die DNA – Stränge der DNA - Doppelhelix getrennt, Vorwärts- und Rückwärtsprimer können sich an die komplementären Abschnitte bei Abkühlung auf die Hybridisierungstemperatur von ca. 55°C anlagern und die hitzestabile Taq-Polymerase – aus Thermophilus aquaticus – synthetisiert den zur DNA komplementären Strang bei 72°C. Der Zyklus aus Denaturierung, Hybridisierung und Elongation wird mehrere Male wiederholt. Ab dem dritten Schritt entspricht die Länge des synthetisierten DNA-Abschnitts dem Abstand zwischen den Primern und verläuft von nun an exponentiell zur Zykluszahl. Zum Gelingen der PCR müssen DNA, Taq-Polymerase, Desoxyribonukleotidphosphate und ein geeigneter Puffer in einem bestimmten Verhältnis vorliegen. Die optimalen PCR-Bedingungen werden für jedes Primerpaar empirisch ermittelt.

2.3.3. Polymerase-Kettenreaktion (PCR)

Die Grundlage nahezu jeder molekularbiologischen Diagnostik ist die Polymerase- Kettenreaktion (polymerase chain reaction, PCR). Die Polymerasekettenreaktion ist eine Methode, mit deren Hilfe man selektiv Abschnitte der DNA in vitro vermehren kann. Dabei werden synthetische Oligonukleotide als Primer verwendet. Primer bestehen aus 15-30 Nukleotiden, die komplementär zu einer DNA-Sequenz sind, welche den zu synthetisierenden DNA-Abschnitt einschließt. Durch Temperaturerhöhung auf 94°C werden die DNA-Stränge getrennt, Vorwärts- und Rückwärtsprimer können sich als Amplimer an die komplementären Abschnitte bei Abkühlung auf die Hybridisierungstemperatur von ca. 55°C anlagern und die hitzestabile Taq-Polymerase – aus Thermophilus aquaticus – synthetisiert den zur DNA komplementären Strang bei 72°C. Der Zyklus aus Denaturierung, Hybridisierung und Elongation wird mehrere Male wiederholt. Ab dem dritten Schritt entspricht die Länge des synthetisierten DNA-Abschnitts dem Abstand zwischen den Primern und verläuft von nun an exponentiell zur Zykluszahl. Zum Gelingen der PCR müssen DNA, Taq-Polymerase, Desoxyribonukleotidphosphate und ein geeigneter Puffer in einem bestimmten Verhältnis vorliegen. Die optimalen PCR-Bedingungen werden für jedes Primerpaar empirisch ermittelt.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Agrippina1

[4.] Lh/Fragment 047 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-22 19:36:04 Hindemith
Fragment, Gesichtet, KomplettPlagiat, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Yurtcu 2008

Typus
KomplettPlagiat
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 47, Zeilen: 1-7
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 40, 41, Zeilen: 40: 33-34; 41: 1-5
[Dabei wer]den alle Ansätze auf Eis pipettiert, um einen vorzeitigen Start der Reaktion zu vermeiden. Die als Matrize dienende DNA wird vorgelegt. Die übrigen Reaktionssubstanzen werden in einem Ansatz gemischt und anschließend auf die Proben verteilt. Als Negativkontrolle dient ein so genannter Leerwert (Ansatz ohne DNA), der zum Ausschluss von DNA-Kontamination mitgeführt wird. Die PCR erfolgt auf programmierbaren Thermocyclern mit beheizbaren Deckeln. Dabei werden alle Ansätze auf Eis pipettiert, um einen vorzeitigen Start der Reaktion zu vermeiden.

[Seite 41]

Die als Matrize dienende DNA wird vorgelegt. Die übrigen Reaktionssubstanzen werden in einem Ansatz gemischt und anschließend auf die Proben verteilt. Als Negativkontrolle dient ein so genannter Leerwert (Ansatz ohne DNA), der zum Ausschluss von DNA-Kontamination mitgeführt wird. Die PCR erfolgt auf programmierbaren Thermocyclern mit beheizbaren Deckeln.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Agrippina1

[5.] Lh/Fragment 049 09 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:44:18 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 49, Zeilen: 9-15
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 42, Zeilen: 9-14
Alle Schritte werden je nach Anwendung, 20 – 40 mal wiederholt (hier wurden 35 Zyklen durchgeführt). Im letzten Zyklus wird der dritte Schritt um einige Minuten verlängert, damit alle Stränge bis zum Ende synthetisiert werden.

Der fertige PCR – Ansatz kann auf 4°C heruntergekühlt werden.

Das Ergebnis der PCR wird auf einem 4%igen Agarosegel überprüft. Die PCR Produkte können bei -20 °C aufbewahrt werden.

Alle Schritte werden, je nach Anwendung, 20-40 Mal wiederholt. Im letzten Zyklus wird der dritte Schritt um einige Minuten verlängert, damit alle Stränge bis zum Ende synthetisiert werden. Der fertige PCR-Ansatz kann auf 4°C heruntergekühlt werden.

[...]

Das Ergebnis der PCR wird auf einem 4%igen Agarosegel überprüft. Die PCR Produkte können bei -20 °C aufbewahrt werden.

Anmerkungen

Nur die Beschreibung eines Arbeitsschrittes, aber die Herkunft des Wortlautes sollte gekennzeichnet sein.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[6.] Lh/Fragment 050 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:47:22 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 50, Zeilen: 1-11
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 44, Zeilen: 1-10
Es wurde jedes Mal ein Ansatz für 30 Proben vorbereitet. In jedem Experiment wurden 2 Positivkontrollen (GG-CC und GA-CT) hinzugefügt. Eine Kontrolle mit 2 μl destilliertem Wasser statt DNA diente als Negativkontrolle.

Die Amplifikationen wurden durchgeführt in dem Eppendorf Mastercycler® gradient.

Nach einer dreiminütigen Denaturierungsperiode bei 95°C folgten 35 thermozyklische Reaktionen bei 95°C über eine Minute, 56°C über eine Minute und 72°C über eine Minute. Es folgten 10 Minuten bei 72°C um die Synthese zu komplettieren. Am Ende wurde der Reaktionsansatz auf 4°C abgekühlt.

Es wurde jedes Mal ein Ansatz für 30 Proben vorbereitet. In jedem Experiment wurde als Positivkontrolle 1 μl DNA eines Individuums mit gesicherter Faktor XII-Mutation (TT), 1 μl mit heterozygoter Faktor XII-Mutation (CT) und eine Wildtypkontrolle (CC) hinzugefügt. Eine Kontrolle mit 1 μl destilliertes Wasser statt DNA diente als Negativkontrolle.

Die Amplifikationen wurden durchgeführt in dem eppendorf Mastercycler® gradient. Einer dreiminütigen Denaturierungsperiode bei 95°C folgten 34 thermozyklische Reaktionen bei 95°C über eine Minute, 52°C über zwe i [sic] Minuten und 72°C über eine Minute. Es folgten 10 Minuten bei 72°C um die Synth ese [sic] zu komplettieren. Am Ende wurde der Reaktionsansatz auf 4°C abgekühlt.

Anmerkungen

Ohne Quellenangabe.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[7.] Lh/Fragment 051 06 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:49:25 Schumann
Fragment, Gesichtet, KomplettPlagiat, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Yurtcu 2008

Typus
KomplettPlagiat
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 51, Zeilen: 6-29
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 45, 46, Zeilen: 45: 3-4, 17 ff. - 46: 1-3
Diese werden auf einem Polysacharid Gel aufgetrennt, welches über 80 Minuten bei 170 V läuft aufgetrennt.

2.5.4 Agarosegelelektrophorese

Zur Erfolgskontrolle von PCRs verwendet man Agarosegele. Agarose ist ein lineares pflanzliches Polysaccharid, das nach Aufkochen geliert und netzähnliche Strukturen ausbildet, durch die DNA-Moleküle entsprechend ihrer Größe während der Elektrophorese wandern.

In dieser Studie erfolgte die Auftrennung der PCR-Produkte auf einem 4%igen Methaphor-Agarosegel, dem 20 μl Ethidiumbromid zugesetzt werden.

Die Herstellung gestaltet sich wie folgt:

Zunächst wiegt man 8 g Metaphoragarose (MetaPhor® NuSieve Agarose GTX CAMBREX Bio Science Rockland Inc., Rockland, ME USA; Vertrieb durch Biozym Hessisch Oldendorf, Deutschland) ab und gibt sie in einen Erlenmeyerkolben. Nun fügt man 196 ml reines Wasser (Aqua destillata) und 4 ml 50fachen TAE Puffer (Tris-Acetat-EDTA-Puffer, SIGMA) hinzu und erhitzt die Mischung unter konstantem Schwenken, bis sich die Agarose vollständig gelöst hat. Zu dem abgekühlten Gel gibt man 20 μl Ethidiumbromid (GelStar® Nucleic Acid Gel Stain von CAMBREX Bio Science Rockland Inc., Rockland, ME USA; Vertrieb durch Biozym Hessisch Oldendorf, Deutschland).

Ethidiumbromid ist ein lichtempfindlicher Farbstoff, daher lässt man das Gel unter einem Pappkarton laufen. Wird das Gel zäher, so gießt man die Lösung in einen vorbereiteten waagerecht stehenden Gelschlitten, in den [Kämme zur Aussparung von Probentaschen (15μl Volumen) eingehängt sind.]

Diese werden auf einem Polysacharid Gel aufgetrennt, welches über 80 Minuten bei 170 V läuft aufgetrennt.

[...]

2.3.6. Agarosegelelektrophorese

Zur Erfolgskontrolle von PCRs verwendet man Agarosegele. Agarose ist ein lineares pflanzliches Polysaccharid, das nach Aufkochen geliert und netzähnliche Strukturen ausbildet, durch die DNA-Moleküle entsprechend ihrer Größe während der Elektrophorese wandern.

In dieser Studie erfolgte die Auftrennung der PCR-Produkte auf einem 4%igen Methaphor-Agarosegel, dem 20 μl Ethidiumbromid zugesetzt werden. Die Herstellung gestaltet sich wie folgt:

Zunächst wiegt man 8 g Metaphoragarose (MetaPhor® NuSieve Agarose GTX CAMBREX Bio Science Rockland Inc., Rockland, ME USA; Vertrieb durch Biozym Hessisch Oldendorf, Deutschland) ab und gibt sie in einen Erlenmeyerkolben. Nun fügt man 196 ml reines Wasser (Aqua destillata) und 4 ml 50fachen TAE Puffer (Tris-Acetat-EDTA-Puffer, SIGMA) hinzu und erhitzt die Mischung unter konstantem Schwenken, bis sich die Agarose vollständig gelöst hat. Zu dem abgekühlten Gel gibt man 20 μl Ethidiumbromid (GelStar® Nucleic Acid Gel Stain von CAMBREX Bio Science Rockland Inc., Rockland, ME USA; Vertrieb durch Biozym Hessisch Oldendorf, Deutschland). Ethidiumbromid ist ein lichtempfindlicher Farbstoff, daher

[Seite 46]

lässt man das Gel unter einem Pappkarton laufen. Wird das Gel zäher, so gießt man die Lösung in einen vorbereiteten waagerecht stehenden Gelschlitten, in den Kämme zur Aussparung von Probentaschen (15μl Volumen) eingehängt sind.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[8.] Lh/Fragment 052 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:50:51 Schumann
Fragment, Gesichtet, KomplettPlagiat, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Yurtcu 2008

Typus
KomplettPlagiat
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 52, Zeilen: 1-13
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 46, Zeilen: 1-12
[Wird das Gel zäher, so gießt man die Lösung in einen vorbereiteten waagerecht stehenden Gelschlitten, in den] Kämme zur Aussparung von Probentaschen (15μl Volumen) eingehängt sind. Nachdem das Gel erstarrt ist, wird es in die mit Laufpuffer (0,5%iger TAE Puffer) gefüllte Gelkammer eingesetzt.

Die fertigen PCR-Produkte werden mit (10 μl) Volumen Puffer versetzt. Dieser erhält Ficoll und beschwert die Proben, so dass diese sich gleichmäßig in den Geltaschen verteilen. Außerdem ist diesem Puffer entweder Xylencyanol oder Bromphenolblau bzw. beide Farbstoffe gemeinsam zugesetzt. Diese Farbstoffe erleichtern das Beladen der Geltaschen, wandern ebenfalls zur Anode und ermöglichen eine visuelle Kontrolle der zurückgelegten Laufstrecke. Gleichzeitig mit den Proben wird ein Längenstandard (kb-Leiter) in eine Geltasche pipettiert.

Die aufgetrennte DNA wurde nach der Elektrophorese auf einem UV-Transluminator (302 nm) sichtbar gemacht und fotographiert.

Wird das Gel zäher, so gießt man die Lösung in einen vorbereiteten waagerecht stehenden Gelschlitten, in den Kämme zur Aussparung von Probentaschen (15μl Volumen) eingehängt sind. Nachdem das Gel erstarrt ist, wird es in die mit Laufpuffer (0,5%iger TAE Puffer) gefüllte Gelkammer eingesetzt.

Die fertigen PCR-Produkte werden mit (10 μl) Volumen Puffer versetzt. Dieser erhält Ficoll und beschwert die Proben, so dass diese sich gleichmäßig in den Geltaschen verteilen. Außerdem ist diesem Puffer entweder Xylencyanol oder Bromphenolblau bzw. beide Farbstoffe gemeinsam zugesetzt. Diese Farbstoffe erleichtern das Beladen der Geltaschen, wandern ebenfalls zur Anode und ermöglichen eine visuelle Kontrolle der zurückgelegten Laufstrecke. Gleichzeitig mit den Proben wird ein Längenstandard (kb-Leiter) in eine Geltasche pipettiert.

Die aufgetrennte DNA wurde nach der Elektrophorese auf einem UV-Transluminator (302 nm) sichtbar gemacht und fotographiert.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[9.] Lh/Fragment 054 02 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 23:21:49 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 54, Zeilen: 2-24
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 46, 47, Zeilen: 46: 6-14; 47: 1ff
Die fertigen Restriktions-Produkte werden mit (2 μl) Volumen Puffer versetzt. Dieser enthält Ficoll und beschwert die Proben, so dass diese sich gleichmäßig in den Geltaschen verteilen. Außerdem ist diesem Puffer entweder Xylencyanol oder Bromphenolblau bzw. beide Farbstoffe gemeinsam zugesetzt. Diese Farbstoffe erleichtern das Beladen der Geltaschen, wandern ebenfalls zur Anode und ermöglichen eine visuelle Kontrolle der zurückgelegten Laufstrecke.

Die Proben werden in die Probetaschen des Agarosegels pipettiert, gleichzeitig mit den Proben wird ein Längenstandard (kb-Leiter) in die erste Geltasche pipettiert.

Nach Anlegen einer Spannung von 170 V für 120 Minuten sind die DNA – Fragmente abhängig von Ihrer Schwere unterschiedlich weit zur Anode gewandert. Das leichtere Restriktionsprodukt wandert schneller und ist als unterer weißer Querstrich zu erkennen, das schwerere Restriktionsprodukt wandert langsamer und ist als oberer weißer Querstrich zu erkennen.

Liegt bei dem Bsp – Verdau der homozygote Wildtyp GG vor, so ist nur ein dicker Querstrich unten (entspricht 2 x G) zu erkennen, liegt ein heterozygoter Mutationstyp GA vor, so ist ein Querstrich unten (entspricht G) und einer oben (entspricht A) zu erkennen; beim homozygoten Mutationstyp AA ist ein dicker Querstrich oben zu erkennen (entspricht 2 x A). Bei dem Tail – Verdau ist entsprechendes zu erkennen.

Die aufgetrennte DNA wurde nach der Elektrophorese auf einem UVTransluminator (302 nm) sichtbar gemacht und fotografiert.

Die fertigen PCR-Produkte werden mit (10 μl) Volumen Puffer versetzt. Dieser erhält Ficoll und beschwert die Proben, so dass diese sich gleichmäßig in den Geltaschen verteilen. Außerdem ist diesem Puffer entweder Xylencyanol oder Bromphenolblau bzw. beide Farbstoffe gemeinsam zugesetzt. Diese Farbstoffe erleichtern das Beladen der Geltaschen, wandern ebenfalls zur Anode und ermöglichen eine visuelle Kontrolle der zurückgelegten Laufstrecke. Gleichzeitig mit den Proben wird ein Längenstandard (kb-Leiter) in eine Geltasche pipettiert.

Die aufgetrennte DNA wurde nach der Elektrophorese auf einem UV-Transluminator (302 nm) sichtbar gemacht und fotographiert.

[Seite 47]

Das PCR-Produkt wird in die Probetaschen pipettiert (oben im Bild). Nach Anlegen einer Spannung von 170 V für ca. 120 Minuten sind die DNA-Fragmente abhängig von ihrer Schwere unterschiedlich weit zur Anode gewandert: Das leichtere PCR-Produkt mit einer Länge von 122 Basenpaaren, welches dem Allel C entspricht, wandert schneller und ist als unterer weißer Querstrich zu erkennen; das schwerere PCR-Produkt mit einer Länge von 131 Basenpaaren, welches dem T Allel entspricht, wandert langsamer und ist als oberer weißer Querstrich zu erkennen. Liegt der homozygote Wildtyp CC vor, so ist nur ein dicker Querstrich unten (entspricht 2 x C) zu erkennen; liegt ein heterozygoter Mutationstyp CT vor, so ist ein Querstrich unten (entspricht C) und einer oben (entspricht T) zu erkennen; beim homozygoten Mutationstyp TT ist ein dicker Querstrich oben zu erkennen (entspricht 2 x T).

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[10.] Lh/Fragment 064 11 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 22:52:42 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 64, Zeilen: 11-27
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 49, Zeilen: 13-31
2.7.2 Nullhypothese- Alternativhypothese

Die Nullhypothese besagt, dass das untersuchte Merkmal keinen Einfluss auf die untersuchten Zielgrößen hat.

H0: Die Mutation 93 CT und 121 GA der Promotor Region des Apolipoprotein( a)-Gens hat keinen Einfluss auf die Aktivität des Lp(a) bzw. die Mutation hat keinen Einfluss auf die Ausbildung einer venösen Thrombose. Die Alternativhypothese besagt, dass das untersuchte Merkmal einen Einfluss auf die untersuchten Zielgrößen hat.

H1: Die Mutation hat einen Einfluss auf die Aktivität des Lipoprotein(a) bzw. hat einen Einfluss auf die Ausbildung einer venösen Thrombose. Bei zweiseitigem Test bedeutet dies, dass die Aktivität sowohl zu- als auch abnehmen kann durch die Mutation, bzw. dass die Mutation sowohl vermehrt zu einer Thrombose führen kann, als auch vor einer venösen Thrombose schützen kann.

2.7.3 Die 4- Feldertafel

Die 4-Feldertafel bezeichnet in Kreuztabellen die absoluten Häufigkeiten bestimmter Merkmalsausprägungen, in dieser Studie betrifft dies das Vor[handensein des Merkmals TT=1 und AA=1, was bedeutet homozygote Mutation bei Nukleotid 93 bzw. 121 der Promotorregion des Lipoprotein(a) - Gens, Lipoprotein(a) - Konzentration unterhalb der 10. Perzentile der entsprechenden Altersgruppe und die Zugehörigkeit zur Patienten oder zur Kontrollgruppe.]

2.5.2. Nullhypothese- Alternativhypothese

Die Nullhypothese besagt, dass das untersuchte Merkmal keinen Einfluss auf die untersuchten Zielgrößen hat.

H0: Die Mutation nt C46T der Promotor Region des Faktor XII-Gens hat keinen Einfluss auf die Aktivität des Faktor XII bzw. die Mutation hat keinen Einfluss auf die Ausbildung einer venösen Thrombose. Die Alternativhypothese besagt, dass das untersuchte Merkmal einen Einfluss auf die untersuchten Zielgrößen hat. H1: Die Mutation hat einen Einfluss auf die Aktivität des Faktor XII bzw. hat einen Einfluss auf die Ausbildung einer venösen Thrombose. Bei zweiseitigem Test bedeutet dies, dass die Aktivität sowohl zu- als auch abnehmen kann durch die Mutation, bzw. dass die Mutation sowohl vermehrt zu einer Thrombose führen kann, als auch vor einer venösen Thrombose schützen kann.

2.5.3. 4- Feldertafel

Die 4-Feldertafel bezeichnet Kreuztabellen absoluter Häufigkeiten bestimmter Merkmalsausprägungen, in dieser Studie betrifft dies das Vorhandensein des Merkmals TT=1, was bedeutet homozygote Mutation bei Nukleotid 46 der Promoterregion des Faktor XII, Faktor XII Konzentration unterhalb der 10. Perzentile der entsprechenden Altersgruppe und die Zugehörigkeit zur Patienten oder zur Kontrollgruppe.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

[11.] Lh/Fragment 065 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-22 19:36:08 Hindemith
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 65, Zeilen: 1-29
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 49, 50, Zeilen: 49: 26-31; 50: 1-24
[Die 4-Feldertafel bezeichnet in Kreuztabellen die absoluten Häufigkeiten bestimmter Merkmalsausprägungen, in dieser Studie betrifft dies das Vor]handensein des Merkmals TT=1 und AA=1, was bedeutet homozygote Mutation bei Nukleotid 93 bzw. 121 der Promotorregion des Lipoprotein(a) - Gens, Lipoprotein(a) - Konzentration unterhalb der 10. Perzentile der entsprechenden Altersgruppe und die Zugehörigkeit zur Patienten oder zur Kontrollgruppe. Diese Merkmale werden in zweidimensionalen Tafeln dargestellt. Die statistische Auswertung einer 4-Feldertafel erfolgt anhand des Chi-Quadrat-Tests oder des Fisher`s exact test (bei Werten < n=4 pro Gruppe).

2.7.4 Chi-Quadrat-Test

Zur Berechnung, ob der gefundene Zusammenhang zwischen zwei Variablen auf Zufall oder auf einer Systematik beruht, verwendet man den Chi-Quadrat-Test.

Dabei wird ein p-Wert festgelegt. Ist p < 0,05, so ist das Ergebnis signifikant, man kann von einem systematischen Zusammenhang zwischen den untersuchten Variablen sprechen. Ist p ≥ 0,05, so ist das Ergebnis nicht signikant; der scheinbare Zusammenhang zwischen den untersuchten Variablen beruht auf Zufall.

Der Chi-Quadrat-Test wird für n > 4 angewendet. Der Fisher´s exact test wird für n < 4 angewendet.

2.7.5 Fisher´s exact test

Mit diesem Test, der im Unterschied zum Chi-Quadrat-Test auch für kleine Stichproben exakte Daten liefert, können Nominaldaten (relative Häufigkeiten) zweier unabhängiger Stichproben miteinander verglichen werden. Er kommt dann zur Anwendung, wenn in einem Feld der 4-Feldertafel ein Wert kleiner 5 vorkommt.

2.7.6 Odds Ratio

Die Odds Ratio (OR) kann als ungefähre Näherung für das relative Risiko gelten, wenn das Basisrisiko des Zielereignisses in der Bevölkerung klein ist (wird in retrospektiven Auswertungen benutzt).

Die 4-Feldertafel bezeichnet Kreuztabellen absoluter Häufigkeiten bestimmter Merkmalsausprägungen, in dieser Studie betrifft dies das Vorhandensein des Merkmals TT=1, was bedeutet homozygote Mutation bei Nukleotid 46 der Promoterregion des Faktor XII, Faktor XII Konzentration unterhalb der 10. Perzentile der entsprechenden Altersgruppe und die Zugehörigkeit zur Patienten oder zur Kontrollgruppe.

[Seite 50]

Diese Merkmale werden in zweidimensionalen Tafeln dargestellt. Die statistische Auswertung einer 4-Feldertafel erfolgt anhand des Chi-Quadrat-Tests oder des Fisher`s exact test.

2.5.4. Chi-Quadrat-Test

Zur Berechnung, ob der gefundene Zusammenhang zwischen zwei Variablen auf Zufall oder auf einer Systematik beruht, verwendet man den Chi-Quadrat-Test.

Dabei wird ein p-Wert festgelegt. Ist p < 0,05, so ist das Ergebnis signifikant, man kann von einem systematischen Zusammenhang zwischen den untersuchten Variablen sprechen. Ist p ≥ 0,05, so ist das Ergebnis nicht signikant; der scheinbare Zusammenhang zwischen den untersuchten Variablen beruht auf Zufall.

Der Chi-Quadrat-Test wird für große n angewendet. Der Fisher´s exact test wird für kleine n angewendet.

2.5.5. Fisher´s exact test

Mit diesem Test, der im Unterschied zum Chi-Quadrat-Test auch für kleine Stichproben exakte Daten liefert, können Nominaldaten (relative Häufigkeiten) zweier unabhängiger Stichproben miteinander verglichen werden. Er kommt dann zur Anwendung, wenn in einem Feld der 4-Feldertafel ein Wert kleiner 5 vorkommt.

2.5.6. Odds Ratio

Die Odds Ratio (OR) kann als ungefähre Näherung für das relative Risiko gelten, wenn das Basisrisiko des Zielereignisses in der Bevölkerung klein ist.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Selbst der Fettdruck von "Chi-Quadrat-Test" und "Fisher´s exact test" ist aus der Quelle übernommen.

Sichter
(Hindemith) Agrippina1

[12.] Lh/Fragment 066 01 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2014-04-23 23:23:52 Schumann
Fragment, Gesichtet, Lh, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung, Yurtcu 2008

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Hindemith
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 66, Zeilen: 1-27
Quelle: Yurtcu 2008
Seite(n): 50, 51, Zeilen: 50: 20-30 51: 1-13
[Als Maß für den Zu]sammenhang zwischen der Exposition und dem Zielereignis verwendet man bei Fall-Kontroll-Studien die OR. Sie vergleicht im Gegensatz zu dem relativen Risiko keine Wahrscheinlichkeiten sondern Chancen. Es kann drei Ergebnisse für die OR geben:

OR = 1: kein Einfluss (hier: Mutation hat keinen Einfluss auf Zielgrößen)

OR < 1: Mutation wirkt schädigend (hier: Aktivität↓ bzw. Thromboserisiko↑)

OR > 1: Mutation wirkt schützend/präventiv (hier: Aktivität↑ bzw. Thromboserisiko↓)

Das Konfidenzintervall (=Vertrauensbereich) besagt, dass die errechnete OR mit 95%iger Wahrscheinlichkeit tatsächlich innerhalb der errechneten Grenzen liegt, z.B. 95% KI: OR= 1,5

Ist die OR=1, so gilt die Nullhypothese, ist die OR ≠ 1, so wird die Nullhypothese verworfen, es gilt dann die Alternativhypothese.

2.7.7 Logistische Regression

Die logistische Regression ist eine Methode um Probleme zu analysieren, die eine oder mehrere Variablen enthalten, die das Ergebnis bestimmen können. Das Ergebnis wird dabei entweder anhand einer dichotomen Variablen gemessen (die Variable kann nur 2 verschiedene Werte annehmen, hier gilt: 0=Merkmal nicht vorhanden, 1=Merkmal vorhanden) oder es werden kontinuierliche Daten verglichen (z.B. das unterschiedliche Alter in Jahren).

Das Ziel der logistischen Regression ist es, das am besten passende Modell zu finden, um die Beziehung des anhängigen (hier: Kontrollgruppe/Gruppe der venösen Thrombosen) von der/den unabhängigen Variablen (hier: Lipoprotein(a) 93 CT- und 121 GA - Polymorphismus bzw. Lipoprotein( a)-Aktivität unter der 10. Perzentile ja/nein) zu beschreiben, so genannter “goodness of fit“-Test (R2).

Als Maß für den Zusammenhang zwischen der Expositon [sic] und dem Zielereignis verwendet man bei Fall-Kontroll-Studien die OR.

Sie vergleicht im Gegensatz zu dem relativen Risiko keine Wahrscheinlichkeiten sondern Chancen. Es kann drei Ergebnisse für die OR geben:

OR = 1 --> kein Einfluss (hier: Mutation hat keinen Einfluss auf Zielgrößen)

 < 1 --> Mutation wirkt schädigend (hier: Aktivität↓ bzw. Thromboserisiko↑)

 > 1 --> Mutation wirkt schützend/präventiv (hier: Aktivität↑ bzw. Thromboserisiko↓)

Das Konfidenzintervall besagt, dass die errechnete OR mit 95%iger Wahrscheinlichkeit tatsächlich innerhalb der errechneten Grenzen liegt, z.B. 95% KI: OR= 1,5 [1,2-1,8].

[Seite 51]

Ist die OR=1, so gilt die Nullhypothese, ist die OR ≠ 1, so wird die Nullhypothese verworfen, es gilt dann die Alternativhypothese.

2.5.7. Logistische Regression

Die logistische Regression ist eine Methode um Probleme zu analysieren, die eine oder mehrere unabhängige Variablen beinhalten, die das Ergebnis bestimmen. Das Ergebnis wird dabei anhand einer dichotomen Variablen gemessen (die Variable kann nur 2 verschiedene Werte annehmen, hier gilt: 0=Merkmal nicht vorhanden, 1=Merkmal vorhanden).

Das Ziel der logistischen Regression ist es, das am besten passende Modell zu finden, um die Beziehung des anhängigen (hier: Kontrollgruppe/Gruppe der venösen Thrombosen) von der/den unabhängigen Variablen (hier: Faktor XII C46T Polymorphismus bzw. Faktor XII-Aktivität unter der 10. Perzentile ja/nein) zu beschreiben, so genannter “goodness of fit“-Test R quadrat.

Anmerkungen

Ein Verweis auf die Quelle fehlt.

Sichter
(Hindemith) Schumann

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