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Ry/069

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Permeation of Organometallic Compounds through Phospholipid Membranes

von Dr. Raycho Yonchev

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[1.] Ry/Fragment 069 14 - Diskussion
Zuletzt bearbeitet: 2016-01-16 22:25:29 WiseWoman
Anézo 2003, Fragment, Gesichtet, Ry, SMWFragment, Schutzlevel sysop, Verschleierung

Typus
Verschleierung
Bearbeiter
Klgn
Gesichtet
Yes.png
Untersuchte Arbeit:
Seite: 69, Zeilen: 14-21
Quelle: Anézo 2003
Seite(n): 156, Zeilen: 5-15
III.1.3 Equilibrium MD simulations

Equilibrium MD simulations are first performed to determine the preferred locations of the solute molecules in the DPPC membrane.

Twelve solute molecules are homogeneously inserted into the equilibrated DPPC bilayer model. Starting structures contain four solute molecules in the membrane interior, four in the interfacial regions, and four in the water layers. To avoid repulsive contacts between the solute and lipid molecules, the introduction of the solute molecules is achieved using a free energy perturbation method in a 100 ps simulation. At the [beginning of the simulation, the solute molecules are treated as point masses with zero Lenard-Jones parameters, so that they do not interact with the lipid environment.]

5.4.3 Equilibrium MD simulations

Equilibrium MD simulations are first performed to determine the preferred locations of the solute molecules in the DPPC membrane.

Twelve solute molecules are homogeneously incorporated into the DPPC bilayer model developed in Chapter 3. Starting structures contain four solute molecules in the membrane interior, four in the interfacial regions, and four in the water layers (see Figure 5.9, page 160, for clarity). To avoid repulsive contacts between the solute and lipid molecules, the introduction of the solute molecules is achieved using a free energy perturbation or “growing” method in a 100 ps simulation. At the beginning of the simulation, the solute molecules are treated as point masses with zero LJ parameters and charges, so that they do not interact with the lipid environment.

Anmerkungen

No source is given.

Sichter
(Klgn), WiseWoman


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Letzte Bearbeitung dieser Seite: durch Benutzer:WiseWoman, Zeitstempel: 20160116222725

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